確保MySQL SSL證書的安全存儲，可以采取以下措施：

1、強密碼保護：證書密鑰文件應該使用強密碼進行保護，以防止未授權訪問。密碼應該足夠復雜，包含大小寫字母、數字和特殊字符，并且定期更換。

2、限制訪問權限：證書密鑰文件應該僅限于必要的系統和用戶訪問。通過配置文件權限和訪問控制列表（ACL），確保只有授權人員可以訪問密鑰文件。

3、加密存儲：證書密鑰文件應該在存儲時進行加密，以防止在文件系統被攻擊時私鑰被泄露。可以使用專門的加密工具或硬件安全模塊（HSM）來保護密鑰文件。

4、安全備份：證書密鑰文件應該進行安全備份，并存儲在安全的地點。備份文件應該與原始文件隔離，以防止同時被攻擊。

5、私鑰保護：私鑰應該只在加密模塊或安全的加密環境中使用，避免在明文中傳輸或存儲私鑰。

6、物理安全：如果使用硬件安全模塊（HSM）或加密設備存儲證書密鑰，應該確保設備的物理安全，防止設備被盜竊或未授權訪問。

7、環境安全：證書密鑰存儲的環境應該符合安全標準，如防火、防水、防震等，確保環境的安全性和穩定性。

8、網絡安全：證書密鑰文件所在的網絡環境應該進行安全加固，如配置防火墻、入侵檢測系統（IDS）等，防止網絡攻擊和未授權訪問。

9、安全審計：應該定期進行安全審計，檢查證書密鑰的保護和存儲安全措施的有效性，及時發現和解決潛在的安全問題。

通過上述措施，可以有效地保護MySQL SSL證書的安全，防止私鑰泄露或被未授權的第三方獲取，確保數據傳輸的安全性和完整性。